Desa Melati Agung adalah desa dari hasil pemekaran dengan Desa Karang Melati sebagai Desa induk pada tahun 2009, yang mana ide pemikiran tentang pemekaran tersebut tercetus oleh sebagian masyarakat pada saat itu yang menginginkan terciptanya pemerintahan desa yang lebih efektif dan efesien mengingat bahwasannya Desa Karang Melati pada saat itu merupakan desa dengan wilayah dan jumlah penduduk yang cukup besar sehingga dianggap cukup menyulitkan masyarakat terjauh dari jangkauan pelayanan pemerintah desa dan pemerataan pembangunan. Serta dengan adanya fakta bahwa pada tahun  sebelumnya telah terjadi pemekaran Desa Karang Melati yang menghasilkan Desa Melati Jaya di sisi lain wilayah Desa Karang Melati yang semakin menguatkan tekad pemekaran desa tersebut.

Harapan akan terwujudnya pemekaran tersebut mulai memperlihatkan setitik cahaya terang di dalam kegelapan pada saat terjadi musyawarah pertama hingga seterusnya di kediaman Bapak Najir sebagai salah satu tokoh masyarakat yang mendukung adanya pemekaran desa tersebut, terus berlanjut tahap demi tahap yang mana terjadi berbagai sikap baik pro maupun kontra yang lumrah dalam kehidupan berdemokrasi, sehingga pada akhirnya telah diputuskan secara bulat bahwa telah disepakati usulan nama desa baru yang dinamakan Desa Melati Agung. Nama Desa Melati Agung diambil dari serapan “Melati” yang diambil dari penggalan nama desa induk agar tidak menghilangkan asal usul sejarah desa, sedangkan istilah “Agung” digunakan sebagai harapan dan doa bahwa desa ini akan menjadi desa yang penuh ke-agungan di masa depan. Selain itu, dalam musyawarah tersebut secara mufakat diputuskan dengan menunjuk Bapak Elwani sebagai Penjabat / Pjs Kepala Desa Melati Agung sebagai desa persiapan beserta perangkatnya dan juga dibentuk unsur lain seperti Badan Permusyawatan Desa (BPD) dan lembaga RT.

Terbentuknya Desa Melati Agung yang menjadi desa defenitif pada akhirnya benar-benar terwujud secara resmi setelah diterbitkannya Peraturan Daerah Kabupaten Ogan Komering Ulu Timur Nomor 2 Tahun 2009 Tentang Pembentukan 18 (Delapan Belas) Desa Dalam Kabupaten Ogan Komering Ulu Timur, di bawah kepemimpinan kepala daerah pada saat itu, yakni Bupati Kabupaten OKU Timur, Bapak H. Herman Deru dan Wakil Bupati Kabupaten OKU Timur Bapak KH. Kholid Mawardi, demikian sejarah singkat terbentuknya desa Melati Agung.